Vanaf het jaar 1889 kreeg Marie-Valerie kreeg een moeilijke tijd.
– In het jaar 1889 verloor ze haar broer Rudolf, die samen met zijn minnares zelfmoord had gepleegd.
– In het jaar 1898 verloor ze haar moeder, keizerin Elisabeth, wat een groot verlies voor haar was.
– Ze zag haar vader achteruit gaan, die zijn zelfbeheersing was verloren. Samen met haar zus, Gisela, stond ze haar vader bij en hielp ze haar vader alles te regelen voor de uitvaart van haar moeder, keizerin Elisabeth.
– In het jaar 1911 beviel ze van haar laatste dochter, Agnes, maar zij overleed bij haar geboorte.
– In het jaar 1916 verloor ze haar vader, keizer Franz Joseph, wat opnieuw een zware slag voor haar was.
– In het jaar 1924 werd Marie-Valerie ziek, de artsen constateerden lymfoom, lymfoom is een soort kanker.