10 september 1898 werd keizerin Elisabeth doodgestoken met een geslepen vijl in Genève door de Italiaanse anarchist Luigi Lucheni. Luigi Lucheni had het eerst gemunt om de hertog van Orleans, maar de hertog kwam niet en Luigi had geen geld om terug naar Italië te reizen. Een krant melden dat er een keizerin incognito reisde en in hotel Beau Rivage verbleef. Ze was er op uitnodiging. Luigi had het krantenbericht ook gelezen en hield het hotel in de gaten.
Om 13.40 uur wilde Elisabeth met de lijnboot naar Montreux terugvaren. Elisabeth en haar hofdame gravin Irma Sztáray liepen langs het meer van Geneve, op weg naar de haven waar de lijnboot al klaar lag. Toen zag Luigi zijn kans, hij liep op de dames af, keek snel onder de parasol om het zeker te weten en stompte, met in z’n hand een vijl verborgen, hard op de borst van Elisabeth.
Elisabeth viel meteen maar stond snel weer op, ze fatsoeneerde haar haar en liep vervolgens honderd meter verder, waar ze op de boot in elkaar zakte en nog even bij kennis kwam. Haar laatste worden waren: “Wat is er gebeurt met me?” Na deze worden raakte ze bewusteloos. In het hotel verklaarde artsen om 14.40 uur haar dood, Elisabeth was niet meer bij kennis geweest.
De vijl had een kleine wond in het hartzakje en het hart zelf gemaakt. De keizerin stierf aan de inwendige bloeding.
Bij haar in de kist werden haar ketting met daaraan haar trouwring, die ze nooit aan haar hand maar aan een ketting onder haar kleding droeg, het medaillon met een haarlok van Rudolf en een armband met bedeltjes gelegd. Elisabeth was gestorven zoals zij zich dat had gewenst, geen familie om haar heen, geen ziekbed, geen lijden en geen pijn en bovenal ver weg van het Hof in Wenen.
Ze stierf zoals een gewonde meeuw aan een strand in een ver land.
Toen de trein op 15 september in Wenen aankwam begonnen alle klokken te luidden. Alle lichten in de stad waren gedoofd en de rouwpraalwagens werd bijgelicht met toortsen toen Elisabeth naar haar laatste rustplaats werd gebracht. Nu kon Elisabeth zich niet langer verzetten tegen de Hofprotocollen waar ze haar hele leven al zo’n hekel aan had gehad.
Op 17 september vond de afscheidsdienst plaats in de kapel van de Hofburg. Na de dienst brachten Franz Joseph, Ludwig en Karl Theodor (broers van Elisabeth), Franz Salvator (echtgenoot van Marie Valerie) en Leopold en Georg (echtgenoot en zoon van Gisela) de sarcofaag naar de tombe.
Op 17 september 1898 werd Elisabeth bij gezet in de Kapuzinergruft in Wenen. Luigi Lucheni kreeg levenslang, hij wilde graag beroemd worden door een staatshoofd te vermoorden.
In 1910 hing Luigi Lucheni zich op aan zijn eigen riem
Voor Frans Jozef betekende de dood van zijn vrouw een zoveelste klap, na de zelfmoord van Rudolf en het overlijden van zijn schoonzus Sophie van Alenqon-Orleans, die bij een brand tragisch om het leven was gekomen. Hij stelde als aandenken aan zijn vrouw een Elisabeth Orde in en bouwde in 1901 als monument voor Elisabeth een kerk op de top van de Schneeberg.