Deze crypte is het oudste gedeelte van de keizerlijke crypte, dit gedeelte werd samen met de kerk, in het jaar 1632, voltooid en ligt onder de keizerlijke kapel boven in de kerk.
In deze crypte staan twee sarcofagen van de grondleggers van de dynastie van Habsburg in Oostenrijk.
– Keizer Matthias, hij was keizer van het Heilige Roomse Rijk, koning van Bohemen en Hongarije (24 februari 1557 – 20 maart 1619)
– Keizerin Anna van Tirol, zij was Keizerin van het Heilige Roomse Rijk, en echtgenote van keizer Matthias (4 oktober 1585-14 december 1618)
