Op 19 juni 1867 werd keizer Ferdinand Maximiliaan met zijn generaals Miquel Miramón en Thomas Mejas door een vuurpeloton vermoord. Het jaar daarna werd hij bijgezet in de keizerlijke graftombe Kapuzinergruft in Wenen. Iedereen in het keizerlijk huis besloot Charlotte te sparen, zij mocht het nieuws van de dood van Ferdinand Maximiliaan niet te weten komen en het personeel werd verboden te rouwen. Charllotte’s broer Leopold haalde haar terug naar Laken waar zij zeven maanden later de dood van haar man vernam. Ze leed aan hysterie en woede en had soms nog heldere momenten van haar man, tot haar broer vond dat ze beter naar het slot Te vuren kon gaan.
In het jaar 1879 brak er brand uit op slot Te vuren, maar het personeel redde Charlotte die het gevaar van alles niet besefte. Charlotte ging met haar hofhouding in kasteel Boechout in Meise wonen.
Daar stierf ze op 19 januari 1927 op 60 jarige leeftijd.